미수의 차크라를 노리는 우라시키 때문에 나뭇잎 마을에 비상이 걸린다. 많은 닌자가 우라시키와의 싸움에서 차크라를 뺏기고, 미라이 또한 차크라를 뺏기고 만다. 한편, 하급 닌자들에게도 우라시키의 습격에 대항하기 위해 임무가 주어지지만, 얼마 전 우라시키와의 싸움에서 목숨을 위협받은 보루토에게는 자택 대기라는 명령이 떨어진다. 보루토는 호카게인 나루토에게 이를 따지고, 사스케가 보루토와의 2인 1조를 제안해 겨우 마을 안 경비 허락을 받아낸다. 그러던 중 우라시키를 발견했다는 보고가 들어오고, 마을 닌자들이 총동원돼 추적을 시작하는데...