无名人正是神农的父亲人王伏羲。神农知道了自己的身世以及伏羲和女娲的关系。伏羲坚持凡人可以自强自立掌握自己命运的观点,深深影响了神农。神农重拾信心,与花神汇合。众人前往中岳寻找最后一处净土。大毛、二毛为报私仇,引蚩尤领兵围困太古城。危难时刻,红姑娘终于出手击退蚩尤。红姑娘拒绝了成为太古城城主的提议。龙太子修炼有成,斩杀黑龙练成神兵在句芒和赵公子的苦劝下,红姑娘答应交换解药。红姑娘对花神等人的判断产生了矛盾。痛苦中的红姑娘强迫自己认定花神等人恶贯满盈。神农和二姑娘六姑娘彻底康复。花神把了了和乐乐留在高府,带领其他人前往北岳。句芒舍命寻药的行为打动了二姑娘。六姑娘和赵公子的感情也慢慢增加。黄帝要与蚩尤决战,得意间请若兮观战。蚩尤从南疆请来风伯雨师。黄帝中了圈套,大败而归。混战中,若兮受了重伤。黄帝懊悔不已,命手下应龙速找神农。花神等人在北岳遇到了夸父族。夸父族首领拒绝交出净土,却请花神等人观看夸父族的盛事:勇士大赛。婴儿神农展现出让炉火旺盛燃烧的神迹,逃过一死。幼年神农从谷雨中领悟农耕,并制造出农具,帮助打不到猎物濒临绝境的族人们走出困境。神农被族人推举为新的首领。成年后的神农有了统一中原的心愿。最后的对手正是强大的轩辕部落。神农和黄帝决战,被黄帝设计打败。受伤的神农被若兮救起。神农没有继续诉说自己的往事,却勾起花神更大的好奇。蟒精红姑娘曾被龙太子花言巧语蒙骗,芳心暗许。红姑娘去看望龙太子,听说龙太子被花神打伤。龙太子谎称花神等人不顾凡人死活,正在人间搜寻五岳精华净土供自己享乐。红姑娘发誓要教训花神。黑龙剑,带领虾兵蟹将前往中岳。