Galerians: Rion 的故事设定在26世纪，地球上的人类受到一种叫“Dorothy”的超级电脑的攻击。意图消灭人类的Dorothy受到一个叫“Rion Steiner”的男孩的致命打击。 叫“Rion”的十六岁男孩于医院的观察室醒来，没有关于他自己的任何记忆，也不知道自己为什么在那儿，仅听到一个女孩的神秘声音向他求救。当他竭力逃跑的时候，他发现了自己有“精神力量”。 用这个能力他杀死了医院的工作人员和保安。他发现他需要服药以防止自己失控，用不同的药物能让Rion使用不同的能力。Rion发现那个医院正在进行名为“G Project”的人体试验，正与他的能力有关。他也找到了一些关于他自己的信息。 逃出医院之后，他回到家，记忆慢慢恢复，但是被G Project的试验和一个叫“Birdman”的Galerian打断。他很快发现那个向他求救的女孩是他童年的伙伴，名叫Lilia。Lilia是Rion父亲的同事Dr. Pascalle的女儿，Dr. Pascalle想要帮助Rion摧毁一种名叫“Dorothy”的人工智能体。Dorothy是一个被制造来服务人类的超级电脑程序。然而，Dorothy开始疑问自己为何要服务人类。它的创造者之一Dr. Steiner告诉了它上帝的存在和人类也必须服务上帝的事实，所以它也必须服务人类。Dorothy听了这些，却开始了它创造名为Galerians的超级人类的计划，企图用他们消灭人类并统治地球，享受Galerians的服务。在这个故事中，Lilia的大脑植入了一种病毒程序可以抵御Dorothy，所以Galerians一直在追寻她的踪迹。 Dorothy命令Galerians追踪Rion和Lilia。Rion决定要消灭Galerians并摧毁Dorothy以拯救人类。Rion最终的Galerian对手是一个他自己的复制人，名叫Cain。他也发现了一个可怕的事实：他自己也是一个Galerian，他是死去的真正Rion的复制人。杀死Cain之后，Rion面对Dorothy用光了自己所有的能量与之战斗，并摧毁了它。 躺在Lilia的臂弯中，Rion说了他的遗言并死去。最后，场景进行了切换。在一个完全白色的视界中，Rion低头坐着并且消失在空气中，象征着他的死亡。