Gola Profonda mette gli agenti Mulder e Scully sulle tracce di un caso di annegamento irrisolto. Le prove e gli indizi non indicano la presenza di un X-Files, ma il misterioso informatore insiste che gli agenti proseguano nelle indagini. Ben presto scopriranno che il presunto annegamento non era accidentale e nascondeva ben altre verità... Riusciranno ad ottenere le prove per smascherare il complotto del governo ombra? Tutto il futuro degli X-Files dipende da questo, ma ora più che mai i nostri eroi non possono fidarsi di nessuno.