Celestia et Luna décident de prendre leur retraite et de laisser Equestria entre les mains de Twilight et de ses amies. Mais Twilight doute d'elle-même. Pendant ce temps, le méchant Grogar réunit toute une série de personnages néfastes afin de conquérir Equestria. Mais le Roi Sombra a son idée sur la question...