Freedom Uncut zeichnet die turbulente – und doch kreativ fruchtbare – Zeit in Michaels Leben und Karriere nach der Veröffentlichung seines Solodebüts „Faith“ von 1987 und der Entstehung und Veröffentlichung seines 1990er Nachfolgers „Listen Without Prejudice, Vol. 1. Neben der Dokumentation seiner kreativen Bemühungen während dieser Zeit wird der Dokumentarfilm auch seine Beziehung zu Anselmo Feleppa – der an AIDS-bedingten Komplikationen starb – sowie den Tod von Michaels Mutter untersuchen.